Acredita-se que a origem é multifatorial
As causas da endometriose ainda não são totalmente esclarecidas e acredita-se que a origem é multifatorial.
A menstruação retrógrada, em que há sangue menstrual e tecido endometrial, que são expelidos através das trompas em direção aos ovários e na cavidade abdominal, pode ser uma das causas.
Geralmente, o sistema imune consegue monitorar estes implantes de células fora do seu local de origem e impedir o crescimento do tecido, ou seja, falhas no sistema imune podem contribuir para o aparecimento da endometriose.
Como a origem embrionária do abdome e cavidade pélvica é a mesma, o aparecimento da doença pode ter origem na vida intra uterina com uma diferenciação errônea de células endometriais dentro da cavidade abdominal.