Mulheres com endometriose apresentam crescimento e desenvolvimento do folículo para a produção do óvulo (foliculogênese) prejudicada. Deste modo, pode haver uma alteração na qualidade e quantidade dos seus óvulos. Estudos mostram que a porção externa dos óvulos (zona pelúcida) e estruturas de dentro da célula (mitocôndrias e spindle mitótico) são afetadas. Quando há um endometrioma no ovário o ritmo de diminuição do estoque de óvulos ocorre de forma mais rápida que o normal. O aumento do número de células inflamatórias no fluido peritoneal não só danifica os óvulos (ovócitos) e os espermatozoides, mas também têm mostrado ter efeitos tóxicos sobre o embrião. O funcionamento de alguns genes, além da presença de enzimas antioxidantes e radicais livres no endométrio de pacientes com endometriose faz com essa camada de células se modifique e fique menos receptiva ao embrião reduzindo as chances de implantação do embrião.
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