A endometriose, provavelmente é causada por vários fatores. Muitos médicos têm estudado quais são as causas desta doença e em 1864, o Dr. Sampson propôs uma teoria, muito aceita até hoje, que sugere que as células endometriais - que alcançaram a cavidade abdominal através da menstruação retrógrada (quando a menstruação extravasa através das tubas uterinas ou trompas até a cavidade abdominal) - conseguem aderir aos órgãos abdominais, e proliferar, causando uma inflamação crônica, já que o sistema imune da mulher reconhece aquele tecido como anômalo naquele local, e inicia uma invasão de células, que tentam retirar aquelas células endometriais, liberando substâncias que provocam inflamação com edema ou inchaço, vermelhidão e dor na região. Provavelmente, uma falha no sistema imune permite esta proliferação anômala.
O Dr. Sampson também sugeriu que as células do endométrio podem alcançar outros órgãos penetrando nos vasos sanguíneos e linfáticos (vasos que transportam a linfa, espécie de líquido que contêm material excretado pelas células e vai se juntando em vasos maiores até desembocar em vasos sanguíneos).
Existe ainda a teoria que afirma que as células dos outros órgãos podem sofrer metaplasia, ou transformação para células endometriais.
Provavelmente fatores genéticos, imunológicos e ambientais podem contribuir para o aparecimento da doença.
Alguns estudos científicos mostram que familiares de primeiro grau de uma paciente com endometriose tem aproximadamente sete vezes mais chance de também apresentar endometriose; mostrando que provavelmente há fatores genéticos envolvidos na gênese desta doença.
Outros estudos científicos mostraram que alguns poluentes, como a dioxina (presente em ar e água contaminada) pode aumentar o risco de desenvolver endometriose, mas estes pontos ainda são controversos.
A causa definitiva ainda não foi estabelecida dificultando muito a busca da cura desta doença debilitante.
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