A decisão sobre o tratamento clínico ou cirúrgico depende do quadro clínico, desejo reprodutivo, da idade da paciente e das características das lesões (locais e estádio da doença). Os exames de imagem devem nos oferecer informações para o planejamento cirúrgico, entre elas: locais comprometidos pela doença (ovários, região retrocervical, vaginal, septo retovaginal, trato
urinário e digestivo) assim como o tamanho e número de lesões.
O objetivo do tratamento cirurgico é remover todos os focos de endometriose em uma única cirurgia
diminuindo a dor e melhorando a qualidade de vida e os indices de fertilidade.
O tratamento cirúrgico da endometriose deve ser conservador, os implantes devem ser removidos por meio de excisão cirúrgica e os órgãos reprodutivos devem permanecer preservados. Observamos melhora de 60% a 70% dos sintomas de dismenorreia e dispareunia após a exérese de implantes endometrióticos A ressecção completa das lesões, em mulheres sintomáticas, podem levar a melhora da qualidade de vida.
O tratamento cirúrgico por via laparoscópica, demonstra menor morbidade, menor tempo de internação, melhor resultado estético, menor indices de dor pós-operatório e permite melhor magnificação visual. Recentemente também a cirurgia robótica vem sendo utilizada com êxito no tratamento da endometriose . É fundamental a disponibilidade de recursos tecnológicos assim como o grau de experiência da equipe cirúrgica para utilização de cada técnica.