O tratamento cirúrgico do endometrioma quase sempre é decorrente dos sintomas relacionados com a endometriose profunda associada.
A principal indicação da cirurgia é a dor, que não melhorou de maneira significativa com o tratamento.
Uma outra indicação de cirurgia em mulheres com endometrioma é na suspeita de uma transformação maligna do endometrioma em um tumor de ovário.
Alguns endometriomas podem se transformar em tumores malignos, sendo os tumores mais comuns o carcinoma de células claras e o carcinoma endometrioide.
A possibilidade de tumor deve ser considerada sempre que for identificada papilas vascularizadas no interior dos endometrioma.
O diagnóstico destas papilas pode ser realizado pelo ultrassom transvaginal e pela ressonância magnética.
Alguns centros têm sugerido cirurgia quando o endometrioma for maior que 6 cm, mesmo sem sintomas significativos.
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Toda cirurgia para tratamento de um endometrioma determina diminuição da reserva ovariana, ou seja, da quantidade total de óvulos que a mulher possui e, portanto, esta informação precisa ser discutida com a paciente, antes da decisão cirúrgica.
O tratamento hormonal da endometriose ovariana após a cirurgia diminui a chance de recidiva da endometriose.
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